如果双方对交警部门出具的交通事故认定有异议，首先可以依据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条的规定，该法条明确了交通事故认定是确定责任的重要依据。若对认定结果不满，可以申请复核。具体操作包括向出具认定书的交警部门或其上级部门提出书面复核申请，并提供相关证据材料，由复核机关对原认定进行重新审查。在复核期间，原认定并不当然停止执行，但复核结果可能改变原认定。
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从法律角度，确保机动车与电动车相撞事故中赔偿的合法性，需做到以下几点：一是及时报警，由交警部门出具交通事故认定书，明确责任；二是依据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，按照交强险规定先行赔付，不足部分按责任比例分担；三是双方协商赔偿时，应确保赔偿金额合理、支付方式明确，并签订书面赔偿协议，以法律形式固定赔偿结果。
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在不同责任认定下，双方协商赔偿的流程如下：首先明确责任比例，如机动车全责、主要责任、同等责任或次要责任。然后，机动车方依据交强险规定先行赔付，不足部分按责任比例分担。例如，机动车全责则承担全部不足赔偿；主要责任则承担70%不足赔偿，电动车承担机动车损失的30%等。双方应就赔偿金额、支付方式等达成一致，并签订书面赔偿协议。