员工贪污40万不能偿还，企业可依法追究其刑事责任。依据《刑法》，贪污数额巨大将受严厉刑罚，不及时处理可能导致企业资金流失，影响经营稳定。
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员工贪污应严惩。处理方式：1.收集证据，立即报警，由警方立案侦查；2.若需追回损失，可同时提起民事诉讼，要求赔偿；3.配合调查，提供必要协助，确保案件顺利推进。具体操作需根据案情及律师建议灵活调整。
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对员工贪污，企业可采取法律手段处理，如报警、提起民事诉讼等。选择时需考虑贪污数额、证据充分性及企业影响，确保合法合规，有效追回损失。