交通事故双方签订互不追究协议后，有关部门通知行调可能是因为事故存在未处理完毕的事宜。根据《道路交通安全法》等相关法律规定，交通管理部门有责任对事故进行全面调查和处理。若不及时配合行调，可能导致事故责任无法查清，进而影响保险理赔等后续事宜。
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建议配合行调。具体操作：1.收集并整理与事故相关的证据，如现场照片、视频等；2.准时参加行调会议，如实陈述事故经过；3.若有异议或新证据，及时向行调人员提出。这样做有助于保障个人权益，确保事故得到妥善处理。
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针对此情况，常见的处理方式有：1.配合行调，提供相关证据材料；2.若有异议，可提出申诉并附上相关证据。选择处理方式时应考虑事故具体情况、个人权益及法律后果，必要时可咨询专业律师。