股东在公司运营遇到重大难题、权益受到损害且无法调和时，可启动公司清算程序。根据《公司法》相关规定，诸如公司长期无法召开股东会议、无法达到决策所需的表决比例、董事会之间存在长期纷争等情形，均属于可申请清算的情况。若不及时处理，公司可能陷入更严重的困境，损害股东的利益。
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股东申请公司清算通常可通过诉讼和内部协商两种途径进行。选择诉讼途径需满足《公司法》规定的相应条件，如股东持股比例、公司面临的困境等。而内部协商则更加灵活，可以通过修改公司章程、更换管理层等方式解决当前困境。具体选择应根据公司实际情况和股东自身意愿进行。
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股东在特定情形下可申请公司清算，具体步骤包括：首先，确认自身是否符合申请条件，如持股比例和公司实际困境等；其次，准备相关的证据和材料，如公司财务报表、股东会议记录等；然后，可选择向法院提起诉讼或尝试内部协商；最后，根据法院裁决或协商结果执行清算程序。